直到此刻，鄭成功才將南線交給部將何義指揮，同時又令黃廷等將領于鼓浪嶼后方進行火攻，與金門鄭泰的回援艦隊消滅剩下的南路清艦。自己駕著飛艇，冒著激烈的炮火北援，還命令駐泊湖頭的后沖鎮艦隊同去救援。
做為北援船隊，后沖鎮水師率先殺入赤山坪海畔的清軍阻擊船隊中，領兵陳廣乘一輕便沙船出入敵陣，率先擊沉一艘清艦。此時登岸滿軍幾經沖突，已是強弩之末，現又遭受腹背殺來的鄭軍大艦隊火力齊射，瞬間像破紙一般被撕得粉碎。
吳豪船隊與后沖鎮會師，一起對停靠在岸灘上密密麻麻的大小八旗船只進行火力急襲。龍熕巨炮、紅衣大炮、填裝霰彈的數百門銅百子炮以及島兵三眼槍、鳥銃一齊噴射出火舌，在交叉火力狂飚式的圍剿中，滿洲“所有先鋒船只悉沉水陷于淖，十僅一、二歸而已”。
岸灘上的滿洲護軍、前鋒兵則像被疾風驅草一般，一批批的刈倒，尸體躺滿了岸灘。二等輕車都尉齋桑、耨得赫、前鋒校鄂勒布、達度護、瑚星阿、騎驍校五爾護、蒙額圖（蒙古正藍旗）、署護軍校綏哈被打成一團團的血肉。縱橫幾乎整個中國的滿洲精銳在近代化火力的慘殺中徹底崩潰。
幸存者紛紛下海逃命，但身披沉重的騎甲紛紛陷于泥淖，又被鄭兵們當活靶一般，無情的玩樂式箭射、槍打，或用長鉤鉤住縱情屠宰。據鄭方事后清點，躺在灘頭的旗兵尸首達1600余具，這還僅是殲滅的一小部份，因為“蹈海死者十七八”。
這些滿兵遺尸后被撈起集中合葬為一大冢，人稱“赤山坪大冢”。由于滿洲貴族將校尸首太多，所以民間流傳有“順治親征廈門”的傳聞。另有300多滿兵被俘，這些雙手沾滿了漢民婦孺鮮血的滿洲小奴隸主們終于嘗到被漢人報復的滋味，全被活活剁下手掌、割下耳朵，然后放生。
福州的當地士人們目睹到被弄殘回營的滿兵慘狀，在私人著作《榕城紀聞》中記下了滿兵“大敗，陣亡之外俱截手足歸，蝦營去大半（漢族稱滿洲護軍為蝦）”的實況。
灘頭旗兵全軍覆沒，“索洪、賴塔皆棄軍逃竄，北軍奔殲，焚溺死者以萬計，水為不流”，以恥辱的完敗告終。李率泰“落水逃免”，而達素的座艦被近灘珊瑚掛壞“半皆沉覆”，被施瑯這個忠心的奴才以小舟救出從偏路逃走。
南線戰斗也接近尾聲，滿軍殘余艦船久在波濤之上，生于關外之地的滿兵無不頭暈目眩，許多人嘔吐不止，無力再戰。面對鄭氏艦群凌厲的“橫攻焚殺”，早無還手之力，一艘艘艦船在“炮聲如雷，隱隱不絕，煙火迷江，咫尺不辨”的戰場上起火爆炸、下沉，僅被跳幫奪取的兵船就達十三艘。
此時鄭成功堂兄鄭泰又率領五十艘“鳥船”從東面的浯嶼趕來。鳥船體型龐大，火力強盛，堪稱那個時代的“巡洋艦”，這支生力軍久等老冤家廣東水師無果，這才遲遲加入了這場收割滿兵性命的血腥游戲。
滿軍殘余艦只陷入重圍，正紅旗二等輕車都尉武達禪、三等侍衛額赫馬瑚（正白旗）、一等護衛雅圖、二等侍衛拜哈拉、騎都尉布锜、二等護衛托克退不是被燒死射死殺死，就是墜海而亡。
郎賽的正紅旗漢軍船隊也被痛殲，部將章紅眼、石山虎等人的船只被焚毀擒獲。后陣的黃梧，見前隊被殲幾盡，只好停船觀望，未料鄭艦趁勝直沖過來，以“竹罌洋炮”橫擊，只裝備八槳船的黃梧船隊又是一片船翻人亡，“梧兵盡覆”。
海面上到處是船只的碎片與清兵浮尸在翻滾的紅浪中上下起伏，到處飄浮著螻蟻般的求救人群，被鄭軍嚴酷無情的爭相殺戮，“浮尸蔽海”。
三艘滿洲前鋒艦被打散后在漫天煙焰中迷失方向，只顧逃命，慌亂間于九龍江口的圭嶼撞灘擱淺。殘剩的四百多清兵（其中滿洲兵三百余人，剩下的是漢人水手船工）還以為逃回到大陸，沒成想是座方圓僅兩平方公里多的孤島，被緊追不放的鄭艦團團圍住。
為避免無謂傷亡，國姓爺派人持令箭上岸撫慰，誘使滿兵放下武器，第二天又將他們全部綁成棕子，撲通撲通扔到海里喂了魚。那個通敵的陳鵬也被鄭成功凌遲處決。
轟轟烈烈的廈門海陸大戰就此告一段落。滿洲精英部隊自努爾哈赤起兵以來第一次遭到建制性殲滅。
戰斗結束之后很久，被殲旗兵仍“尸浮海岸萬余”，而大獲全勝的鄭軍“俘獲軍實，分賚諸將士，舉之數月不盡”，鄭成功借此使他的集團走出了南京一役的陰影，洗刷前恥，也使清人未能重演當年崖山一戰。
值得一提的是，此役喪命的滿洲貴族為數眾多，身世顯赫者比比皆是。如前面提到的鑲黃旗參領兼一等子爵的莫洛渾，他祖父包朗阿是努爾哈赤曾祖父覺昌安的親哥哥。包朗阿隨同努爾哈赤起兵，被明軍擊斃。
其子顧納岱官至副都統又在南昌被炮殺。而莫洛渾作為顧納岱的獨生子，被殺于廈門，香火遂絕。康熙帝后來感嘆包朗阿一支斷苗，對莫洛渾特予超規格的兩次祭奠，追升伯爵。但
死于廈門的愛新覺羅家族的成員絕不止他一個，阿哈丹、哈爾弼等人也都是努爾哈赤一系的近親血脈。難怪鄭氏一方會有順治皇帝于廈門海戰被炮殺的傳言。
達素回到福州，驚魂未定，向京城老老實實的交待了慘敗經過。正志得意滿的滿廷如被五雷轟頂------在漢人面前，滿清這一次簡直是輸掉了褲衩！惱羞成怒的順治像是輸紅眼的賭徒，不計后果的改命貝子洛讬為安南將軍，與尚書車克納帶領京師剩下的最后一點殘部緊急趕赴前線。
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